Galaxy Annotator が ValueError で動かない場合の対処法

僕が開発して後悔公開*1している銀河専用のアノテーションツール Galaxy Annotator ですが、ながらく更新していないのですが、Anaconda 環境が更新されている関係で動かない場合があるようです。以下に対処法をまとめます。

現在 Anaconda の最新バージョンは Anaconda3-2023.07-2 です。

しかし最近、この環境だと Galaxy Annotator のコマンド leda-votable-to-galaxy.py がエラーで終了してしまうという報告がありました。

$ leda-votable-to-galaxy.py -m 16 -d -j -i votable.xml 
Traceback (most recent call last):
  File "/home/rna/Projects/GalaxyAnnotator/leda-votable-to-galaxy.py", line 100, in <module>
    z = z_at_value(cosmo.luminosity_distance, ld)
        ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/rna/anaconda3_2023/lib/python3.11/site-packages/astropy/cosmology/funcs.py", line 358, in z_at_value
    zs[...] = _z_at_scalar_value(func, fv * unit, zmin=zmn, zmax=zmx,
              ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/rna/anaconda3_2023/lib/python3.11/site-packages/astropy/cosmology/funcs.py", line 79, in _z_at_scalar_value
    res = minimize_scalar(f, method=method, bounds=(zmin, zmax),
          ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/rna/anaconda3_2023/lib/python3.11/site-packages/scipy/optimize/_minimize.py", line 887, in minimize_scalar
    raise ValueError(message)
ValueError: Use of `bounds` is incompatible with 'method=Brent'.

調べてみたところ、今年1月に astropy とその依存モジュール scipy のバージョン 1.10 以降との間に相性問題が報告されており、そこでの現象と同じ現象のようです。

これは astropy バージョン 5.2.1 で対応されたのですが、Anaconda の最新版で conda list '(astropy|scipy)' でモジュールのバージョンを確認すると、astropy が 5.1、scipy が 1.10.1 と、正に相性問題のある組み合わせでした。

この場合、ベストな対応は astropy を 5.2.1 以降にアップデートすることですが、残念ながら Anaconda の本家チャンネルでは 5.1 が最新です。サードパーティーの conda-forge チャンネルには 5.3 があるのですが、本家のモジュールを置き換えるのはややこしくなりそうです。

ここは scipy のバージョンを一つ前の 1.9.3 にダウングレードする方向で対処します。以下のコマンドを conda activate したシェルで実行します。